屋頂和屋簷下方的樑架，可說金碧輝煌、琳琅滿目，尤其是人物的雕刻栩栩如生。廟中全以石材為壁，其圖案都以民間故事或歷史典故為題。龍柱為臺灣廟宇最常見之物，但一廟中頂多二、三對，而祖師廟內全部完工時將有156根之多。廟中柱子依主題可分為雙龍柱、單龍柱、花鳥柱及有對聯的圓柱，其中以正殿三對最為精緻。此外，柱礎在鼓身的弧面上，則依諧音雕了許多含吉祥意的圖形如 ：螃蟹（甲第）、雙魚 （餘）等。至於龍柱上頭的柱斗，則是刻有希臘柱頭風味的樹葉圖形，顯現了祖師廟中西合璧的特色。銅雕、木雕、石雕是祖師廟最引以為傲，也最特殊之處，大異於一般廟宇的彩繪裝飾，其題材多出自中國民間故事、神話或歷史典故，另外還有許多他處看不到的動物題材。